2003年9月26日，《盟军敢死队：目标柏林》（Commandos 3: Destination Berlin）问世。游戏场景仍然是2D场景，但加入了天气效果和气候变化显得更加壮观和真实，人物则采用了3D造型，但最重要的是敢死队成员不增反减——此外人物造型和前两代相比也有了很大改变。
而随着昔日缔造者的离去，《盟军敢死队3》的变化越发明显，游戏中首次提供了联网功能为了迎合趋势。虽然Pyro Studios公司竭尽全力来制作这款新游戏，但盟军3在游戏性上还是有所下降，即时战术游戏着重的团队合作被削弱，任务中很少有前两作那种分秒不差的密切配合出现。虽然提供了3大战役13项任务，但难度比之前下降很多，同时剧情上也做出了更大架空改动。并且游戏对操作快捷键进行了简化，但又使得操作变得不够流畅……总之盟军3虽然当时受到了不少抱怨，但死忠玩家还算买账，也能理解游戏这几年的发展日新月异，最初的那种惊艳感受本来就不可能再现。
