在前往骑士团以报告此事的途中，阿尔乔姆与妻子安娜却意外被红线俘获，安娜被囚禁，而阿尔乔姆则与一个同样被囚禁的犯人一同营救安娜然后逃走。
这段在敌营中潜伏逃亡的剧情与前作《最后的曙光》开头极为相似，游戏设定也延续了前作中只要你蹲伏在黑暗中即便敌人在你脸上他们都不会发觉。
在逃亡途中，主角与安娜意外发现现存的世界并非只有俄罗斯，在整个世界中还有更多的人生存在不同地方，其中就很有可能发现未被污染的净土。安娜急于把这一切告诉地铁中的人们，而阿尔乔姆对整个地铁的救赎之旅也随之拉开序幕。
本作绝大多数设定与装备均沿袭前作的经典，但同样可以看到在很多细节处有明显的改变。比较大的改动则是本作的射击手感提升不少，且武器的自定义系统也经过了更精细的设定划分。
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