《雷神之锤4》是系列中第一款让你扮演真正有名字的主角的游戏。他是一名太空舰队队员，名叫Matthew Kane，是突击队中的精锐，有着神秘的过去。Kane被派遣到Rhino小队中，这个小组和多个小组一起被派进攻strogg 的故乡——Stroggos行星。

　　实际上，《雷神之锤4》是《雷神之锤2》的后续之作。在《雷神之锤2》中，主人公是一个无名的太空船员，他的任务是击退恶心的strogg，这些strogg为捕捉到的生物装上机械部分来改进他们的身体，然后为他们植入神经控制将他们转变为没有头脑的奴隶。

　　游戏的巅峰战斗发生在Stroggos行星上，主人公来到这个行星，杀掉了stogg的首领“makron”，可惜这个致命的打击并没有结束这场斗争。现在地球派遣了像Rhino小队这样的太空舰队进攻strogg行星，以永久地解除整个宇宙受到的威胁。