Chapter 4-一个时代的终结……
随着艾尔•慕瓦林的死亡，揭露他阴谋的阿泰尔成为了兄弟会的新首领，但这并什么值得阿泰尔大肆庆祝的，因为他知道，他的敌人圣殿骑士还在外边施虐，而他接手兄弟会之后还有一烂摊子的事需要他去善后。他开始书写日记（The Codex），用于记录他的经历和对伊甸苹果的研究。在这过程中，阿泰尔也不忘调查圣殿骑士从阿卡到塞浦路斯（Cyprus）的一举一动。
随着罗伯特•德•萨布莱的死，骑士团迎来了新的领导：阿尔芒•布沙尔（Armand Bouchart）。在追寻他新敌人的过程中，阿泰尔再次遇到了那个在马吉德•阿丁葬礼遇到的女骑士玛利亚•索普，现在玛丽亚恨不得阿泰尔当时就在葬礼里边把她给解决了：因为罗伯特的死，她的一生就完全给毁了，愤怒的玛丽亚也不管能不能战胜眼前的这个人，操起剑就向阿泰尔砍去。阿泰尔将她制服并把其当成人质带到了塞浦路斯的利马索尔（Limassol），此时布沙尔已经把整个岛的控制权从理查德国王手上夺取。阿泰尔找到了刺客的盟友，本地抵抗组织的头目阿历山大（Alexander）。阿历山大非常欢喜地把玛丽亚关在利马索尔的抵港组织据点里，并帮助阿泰尔去搜索他认为圣殿骑士用于藏匿伊甸碎片的档案馆（Templar Archive）。
再次看到阿泰尔的玛丽亚愤怒地对其挥刀相向
然而圣殿骑士没有给阿泰尔的搜索留下多少时间，他们发动了对抵抗组织据点的攻击，而玛丽亚也是趁机逃到布沙尔那并警告他阿泰尔的存在，但布沙尔却没有相信她的话，继续因为罗伯特的死而谴责她并把她关进了牢笼。阿泰尔随后成功地把玛丽亚救出并带着她再次追寻布沙尔到达凯里尼亚（Kyrenia），阿泰尔尝试向玛丽亚解释，腐败令圣殿骑士失去了野心，正如自由的重要性过度限制了教团并使之无法得到和平——一切都会因此变得徒劳无功。
紧接着他们到达凯里尼亚，阿泰尔开始寻找凯里尼亚抵抗组织首领的帮助，而组织的领导巴拿巴（Barnabas）则要求阿泰尔去帮他暗杀商人乔纳斯（Jonas），一个被挂上背叛抵抗组织之名的人。乔纳斯向阿泰尔透露布沙尔的本地官员“公牛”的存在并以此要求抵消他的罪孽。这时玛丽亚告诉阿泰尔，她之前曾经见过一次这个叫“公牛”的人，而他的真名叫莫洛奇（Moloch）。顺着线索找到并勒死莫洛奇之后阿泰尔回到抵抗组织基地，但在那他发现圣殿骑士已经对这里展开了扫荡，玛丽亚和部分抵抗成员被莫洛奇的儿子沙利姆（Shalim）给逮捕。这时阿泰尔才从一个幸运逃生的反抗组织成员马科思口中得知其实他所看见的巴拿巴是冒牌的，而且他还是圣殿骑士的间谍，真正的巴拿巴早就在阿泰尔来到凯里尼亚前一天被处决。
第一次看到巴拿巴，阿泰尔做梦都没想到这个人竟然是个冒牌货
阿泰尔开始追击沙利姆并且从中得知玛丽亚已经从守卫手中逃脱，伪装成舞娘的玛丽亚进入圣希拉里翁城堡（Saint Hilarion Castle），并质问沙利姆的哥哥沙哈尔（Shahar），究竟何为骑士团真正的野心，而他们又想用苹果达到什么目标。玛丽亚刚得到真相，阿泰尔就现身并与兄弟俩对决。顺利解决掉他们以后阿泰尔发现玛丽亚已经趁混乱离开城堡。回利马索尔，他发现整个城市都处于一片混乱，毫无秩序的抵抗军和猖獗的圣殿骑士士兵布满了整个城市，而阿泰尔的朋友，抵抗组织首领亚历山大更已被杀害。
此外，布沙尔的间谍，那个在凯里尼亚扮演巴拿巴的人带队开始攻击抵抗军，并用乔纳斯的死煽动平民去攻击阿泰尔——因为间谍知道了伊甸的苹果就在阿泰尔手上并希望将其夺走。不希望攻击平民的阿泰尔拿出了伊甸的苹果，并用其力量把暴民驱散，正当间谍还在嘲笑阿泰尔的时候，得知骑士团想滥用苹果力量的真正意图的玛丽亚及时出现并杀死了这个该死的间谍。他们二人一起找到了在地下的档案室，并在深处遇见布沙尔，他告诉阿泰尔其实圣殿骑士团已经开始把他们的资源从塞浦路斯转移走并以此保护它们不让刺客和理查德国王获得。在已经变得空空如也的档案室里，两人拔出他们手中的剑，开始了最后的对决，最终，技高一筹的阿泰尔战胜并杀死了布沙尔，然后和玛丽亚在倒塌的档案室中顺利逃脱。（以上来自PSP版《刺客信条 血统》的游戏故事）
冰冷的剑身贯穿了布沙尔的身躯，血统的故事也就此告一段落
一切都完结后，玛丽亚和阿泰尔站在港口，感觉自己如释重负的她告诉阿泰尔她正式辞职了，从今天起骑士这个身份对于她而言已经成为历史。而阿泰尔告诉她他会投入更多的时间来研究伊甸苹果的秘密和宇宙的奥秘。玛丽亚决定与他同行并最终在1193年成为阿泰尔这生的最爱，她给他生了两个孩子：德琳（Darim Ibn-La'Ahad）和瑟夫（Sef Ibn-La'Ahad），而阿泰尔则把他剩余的一生全部奉献在苹果的学习上。使用那些他所发现的知识，阿泰尔发明了很多新科技和可以使刺客变得更强的新装备，例如毒刃（Poison blade），袖枪（Hidden Gun）和由超轻金属打造，近乎无敌的铠甲（Armor of Altaïr）。而借着苹果的力量他也窥看到那些发生在遥远过去的事情——多峇巨灾所导致的毁灭，而他的知识也推动他把他的手抄本变成指向那些“先知”的路标。
作为刺客的首领，阿泰尔带来了各种的革新，抛弃了很多艾尔•慕瓦林所领导教团时期所用的仪式要素和各种限制，例如刺客不能对其孩子有爱护的心和行动和用毒的限制，这些举动标志着兄弟会的复兴。而阿泰尔也大力地在周边城市发展刺客的势力，但由于第四次十字军东征的开始导致君士坦丁堡的人民混入混乱，他的发展计划无奈暂时告终。在1217年，成吉思汗（Genghis Khan）的铁蹄响遍了世界。相信成吉思汗有今天的霸业全因伊甸的碎片的阿泰尔，带着玛丽亚和他们已经成为一流弩手的大儿子德琳前往东方去阻止即将来临的危机。
经过漫长的旅程，阿泰尔一家终于顺利抵达蒙古，他们联系到了当地刺客高曲兰（Qulan Gal），四人一起前往蒙古大营，精通弩术的德琳找到一个高点并把可能察觉他们行动的卫兵全部处理掉，然后让其父亲一人潜入成吉思汗的大营。但或许是岁月不饶人，阿泰尔的行动被卫兵发现并被其打伤，幸好高曲兰抢在鸣警之前把卫兵收拾掉。带着受伤的阿泰尔，二人逃出了大营，然而这次失败并没有令刺客就此罢休。之后灵机一触的高曲兰和德琳想到了一个妙计把成吉思汗引出营地，而成吉思汗也如愿上钩。感觉到危险的成吉思汗夺马而逃，但机警的高曲兰拔出弓箭并射倒了成吉思汗所乘的马，而德琳则亲手送了这一代枭雄最后一程。顺利铲除成吉思汗的阿泰尔一家最终在时隔十年之后启程返回迈斯亚夫，然而在那里等待着阿泰尔的，不是刺客们热烈的欢呼，而是无尽的悲痛……（以上来自《刺客信条 官方百科全书》）
阿泰尔在玛丽亚的要求下去见阿巴斯并希望用和平的方式夺回控制权
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