阿泰尔死了么？不，主角当然不会轻易回老家结婚。当他从沉睡中醒来后，他发现他的“死”其实是他导师所安排的的惩罚。艾尔•慕瓦林给了阿泰尔一个机会去重获他的荣誉和尊严。
“这里有一份名单，他们都是给人民带来灾难，带来战争，令这个大陆腐朽，你所做的，就是找到他们，亲手结束他们，并为人民带来和平，而你，也将会从你的罪中解放出来”
“九个人的性命换我个人的赎罪……”
“你有问题吗？”
“只有从哪个人开始而已”
接受了导师任务的阿泰尔踏上了刺杀之旅，他前往大马士革，耶路撒冷和阿卡（Acre）追击他的目标，然而，当他亲手逐一结束他的目标，他发现这份名单上的人，不完全是他导师所说的那些给人民带来灾难和战争的人，实际上，他们正在努力一起争取某种和平。带着疑问的阿泰尔找到了他的导师，艾尔•慕瓦林告诉他，这些人其实都是罗伯特身边的圣殿骑士，他们都在密谋建立一个“新世界”。
而之前阿泰尔到所罗门神殿去夺取的财宝，正是这个计划所需要的关键物品：伊甸的苹果。苹果的能力可以让使用者操纵其他人，如果圣殿骑士得到它，他们将会用苹果的力量控制整个地中海甚至更远的地方，实现他们所制定的和平。而防止圣殿骑士邪恶野心的达成正是阿泰尔刺杀这九个人的最终目的。艾尔•慕瓦林的这番话给了阿泰尔更微妙的想法，他开始为他以前的行动，为他的鲁莽，为他的傲慢而感到懊悔，而他也强烈地意识到他自己作为一个刺客应有的责任——他应该为教团和地中海的自由负责甚至奉献其生命。
此时的暗杀名单上，等待着阿泰尔的就只剩下他的老朋友：圣殿骑士团长罗伯特。阿泰尔尾行他的踪迹到耶路撒冷，此时的罗伯特正在参加阿泰尔之前所杀骑士马吉德•阿丁（Majd Addin）的葬礼。对于刺客来说，这种人多**的地方简直就是暗杀者的天堂，心中暗喜的阿泰尔隐藏在人群中准备趁机行事。然而罗伯特并没有他所想象的那么愚蠢。当阿泰尔踏进葬礼会场，埋伏好的士兵突然出现并开始攻击阿泰尔。
幸好阿泰尔的强大技术让他化险为夷，逐一将士兵击破后，阿泰尔来到了罗伯特面前，然而他发现这一切没那么就简单，这个罗伯特只不过是由一个叫玛利亚•索普（Maria Thorpe）的女骑士所扮演。在玛丽亚争取的这段时间里，真正的罗伯特现在已经到达阿尔苏夫（Arsuf）并开始联合伊斯兰教徒和十字军一起对兄弟会发起攻击，被摆了一道的阿泰尔已经无心理会玛丽亚的事情——对于现在的他来说，没有比兄弟会安危更重要的事。饶恕了玛丽亚的阿泰尔马不停蹄地把这个消息告诉了马里克，并要求其调查所罗门神殿的真相，然后独自背负着沉重的压力前往了阿尔苏夫，因为对于他来说，此行成败决定了兄弟会的未来……
阿泰尔深陷埋伏，然而这个地方对于阿泰尔来说也别有一番意义，因为他在这里，他遇到了他一生的摯愛
匆匆忙忙赶到达阿尔苏夫战场的阿泰尔发现伊斯兰教徒和十字军已经开始行动，留给他的时间已经不多。阿泰尔一路杀到前线并来到了狮心王——理查德国王（Richard I of England）的营地。阿泰尔在国王面前揭露罗伯特的阴谋，罗伯特否认这一切的指控，由于无法辨别哪方为真，国王选择把决定权留给上帝，赐予他们二人决斗的权力，胜者的话就为真理。这次再也没有犯错的阿泰尔亲手把刀刃放在了罗伯特的脖子上，临死的罗伯特告诉了阿泰尔一个他这辈子最震惊的秘密，他的导师艾尔•慕瓦林事实上是个骑士。艾尔•慕瓦林通过阿泰尔的手，除掉名单上的九个人，并独占伊甸的苹果。
“你根本一无所知阿泰尔，你只不过是艾尔的扯线木偶罢了。他耍了你，就像他耍了我们一样！”
在狮王心中，阿泰尔在理查德国王面前与罗伯特对峙
如同晴天霹雳的阿泰尔得到了理查德国王的宽恕，匆忙地赶回迈斯亚夫希望得到真相。但当他回到家乡，他发现一切都变得不妥，村民被洗脑，认为艾尔•慕瓦林的领导能把他们带到光明的未来；而城堡周围的刺客更开始向他攻击。虽然阿泰尔技术了得但面对如潮水一般的敌人，他慢慢也感觉力不从心。就在这关键时刻，马里克带着未被控制的刺客及时到来并与阿泰尔共同作战。留下马里克和其他刺客善后，阿泰尔独自踏进迈斯亚夫的城堡。
得知了一切阴谋的阿泰尔与自己的导师展开了最终对决
城堡的主人此时正在花园默默地等待着他的爱徒，当然，还有他的武器，伊甸的苹果。他向阿泰尔解释苹果的能力是可以去控制其他人的内心，通过这个能力的指引下，人类才能得到绝对的和平。然而这番话却已经偏离刺客之道，为了清理门户，为了贯彻刺客的信条，阿泰尔挥刀向自己曾经的导师砍去。
尽管阿泰尔能抵抗部分苹果的影响，但艾尔还是放出了自己和之前已经被阿泰尔杀死的九个圣殿骑士的幻影并开始攻击阿泰尔。然而经历了这一切的阿泰尔无论心身都变得更加强大，并最终击倒了他的导师。在他临死前，艾尔说阿泰尔不会去毁灭苹果，因为他的那高尚的心不会允许他这样做。与此同时，从艾尔手中滑落的苹果投射出一个全息图像，面对如此外星的科技，众人除了目瞪口呆也无从下手，然而他们想不到的是，这张地图的标记代表着所有伊甸碎片的存放位置……（以上来自《刺客信条 1》的游戏故事）
苹果投射出了所有伊甸碎片的位置，争夺碎片的战争，从此打响
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