合体攻击系统：
本作依然具有丰富的合体攻击，合体技既可以把两人分拆到两个小队使用，也可以编入一队。
芯片系统：
大体分为两类，增加能力型和获得特殊能力型，通过芯片的有效学习可以大幅提升己方战斗力。
ACE系统：
大为缩水，只修改为击坠数前三的机体有气力+5的奖励。
2 路线图：
| 第1話 | ウェディングベルは戦いの鐘 | |||
| 第2話 | 異世界からの来訪者 | |||
| 第3話 | ビルドアップ！ 蘇る伝説！！ | |||
| 第4話 | 再会のコンビネーションアタック | |||
| 第5話 | オーバーマンバトル | |||
| 第6話 | タキシードを着たボンクラ野郎 | |||
| 第7話 | ドランクヒーロー・スウィフトガール | |||
| 第8話 | 宿命のターミナル | |||
| 第9話 | エリアZiの激闘 | |||
| 第10話 | 黒き炎の将軍 | |||
| 第11-1話 | ガイキング絶体絶命！！・前編 | |||
| 第11-2話 | ガイキング絶体絶命！！・後編 | |||
| 第12-1話 | 蠢く翳・前編 | |||
| 第12-2話 | 蠢く翳・後編 | |||
| 第13話 | 変わり果てた地球 | |||
| 路线选择 | ベルリン | 竜宮島 | ||
| 同行部队 | アンジェリカ
ガンダムSEED キングゲイナー ゾイド マジンガー ダンガイオー |
シェルディア
ジーグ ガイキング ゴーダンナー ガンXソード | ||
| 第14-1話,14話 | 離別の光・前編 | 孤独～たたかい | ||
| 第14-2話,15-1話 | 離別の光・後編 | 悲しみの飛翔・前編 | ||
| 第15話,15-2話 | エンジェルダウン | 悲しみの飛翔・後編 | ||
| 第16-1話 | 激闘！ダンナーベース！！・前編 | |||
| 第16-2話 | 激闘！ダンナーベース！！・後編 | |||
| 路线选择 | ビルドベース | ダリウス界 | ||
| 同行部队 | アンジェリカ
ガンダムSEED マジンガー ジーグ ゴーダンナー ガンXソード |
シェルディア
キングゲイナー ゾイド ガイキング ダンガイオー | ||
| 第17話 | 奪還せよ！もう一人の鋼鉄ジーグ！！ | 蘇る大地魔竜 | ||
| 第18話 | 存在～なかま | キャプテン・ガリス、衝撃の秘密 | ||
| 第19-1話 | 星の扉、運命の扉・前編 | |||
| 第19-2話 | 星の扉、運命の扉・後編 | |||
| 第20話 | 裏切りと出会いと | |||
| 第21-1話 | 決戦の時は来たれり・前編 | |||
| 第21-2話 | 決戦の時は来たれり・後編 | |||
| 第22話 | コンフュージョン・カーニバル | |||
| 第23話 | 結成！ディガルド討伐 | |||
| 第24-1話 | オーバーデビルクライシス・前編 | |||
| 第24-2話 | オーバーデビルクライシス・後編 | |||
| 第25話 | 奇襲 | |||
| 路线选择 | アークエンジェルに同行 | 大空魔竜とソラシティへ | ||
| 同行部队 | ガンダムSEED
キングゲイナー ファフナー マジンガー ジーグ ガンXソード |
バーチャロン
ゾイド ガイキング ゴーダンナー ダンガイオー | ||
| 第26話 | 絶望の中で掴んだ光 | ジーンの野望 | ||
| 第27話 | 結末 | |||
| 第28話 | リンケージ | |||
| 第29話 | 哀しき呪縛を解け | |||
| 路线选择 | 竜宮島 | ダリウス界 | ダンナーベース | |
| 同行部队 | ガンダムSEED
ファフナー ダンガイオー ガンXソード |
キングゲイナー
ゾイド ジーグ ガイキング |
バーチャロン
ゴーダンナー マジンガー | |
| 第30-1話,第30話,第30話 | 情愛～さよなら・前編 | 決戦！三大魔竜！！ | ラビットシンドロームの恐怖 | |
| 第30-2話,第31-1話,第31-1話 | 情愛～さよなら・後編 | 父の心・前編 | 鋼の巨人達・前編 | |
| 第31話,第31-2話,第31-2話 | 蒼穹～そら | 父の心・後編 | 鋼の巨人達・後編 | |
| 第32-1話 | リセットされる世界・前編 | |||
| 第32-2話 | リセットされる世界・後編 | |||
| 第33-1話 | 妃魅禍、野望の果て・前編 | |||
| 第33-2話 | 妃魅禍、野望の果て・後編 | |||
| 第34話 | 天国の雷 | |||
| 第35話 | Another Sphere | |||
| 最終話 | 心からの・・・ | |||
