《实况足球9》相比同系列前作新增“Nippon Challenge: Go for 2006”模式，这是专为日本玩家所备的夺冠模式。在这个模式中，玩家可以带领日本国家队从世界杯的亚洲区预选赛到8强赛出线，再到德国世界杯征战。网络对战成为《实况足球9》的标准功能，改良的网络引擎使得对战更加流畅，使玩家可以在Master League模式进行网络对战。