《孤岛惊魂》的故事发生在南太平洋一座美丽的世外孤岛“Cabatu”上。玩家所扮演的主角“Jack”是一名拥有神秘背景及不为人知过去的战士，为了逃避过往而选择在南太平洋群岛经营出租快艇的生意。没想到天算不如人算，在他答应受雇于一名女记者接送她到海上孤岛“Cabatu”时，却突然发现原来岛上已被一群来历不明的军人当成秘密基地，接着女记者不幸被俘，自己的快艇更被炸毁，已经退无可退的“Jack”只好选择搏命一战……