《秘密潜入2：隐蔽打击》继续讲述为秘密组织IGI工作的前SAS队员琼斯的故事。游戏的剧情开始于一代游戏结束后不久，这次他将负责调查一起牵涉全球范围的黑市军火交易，新的冒险中玩家将再次随同琼斯一起揭开案件的真相，粉碎敌人的阴谋以及拯救整个世界。