《FIFA 06》得到国际足联的完全授权许可，玩家可以选择的联赛数量非常众多，比如：德国足球甲级联赛，西班牙足球甲级联赛，英格兰足球超级联赛和意大利足球甲级联赛，等世界上各大顶级联赛。不过，荷兰仍然没有出现在32支足球队伍的列表中。在全部队伍中的有着详尽的球员花名册，玩家可以自己选择和谁进行比赛，然后在比赛的开始设置上场名单，而且还可以选择跟任何一家电视台签署转播协议。