故事分为两条剧情线： 里昂线（Leon Scott Kennedy）和克莱尔线（Claire Redfield）。

　　1998年9月29日，新人警官里昂来到莱肯市警察局上任。但是，在进入市区以后却遭遇了被T病毒感染的丧尸。同一时刻，S.T.A.R.S.队员克里斯的妹妹克莱尔，为了寻找失去音讯的哥哥也来到了莱肯市，并且也遭遇了丧尸，正是因此，两人阴错阳差的相遇了。相遇后，两人计划结伴去莱肯市警察局，但在路途中却遭遇了车祸，两人被爆炸的油罐车所引燃的火灾分开了。两人在火焰的两边约定：各自找到去警察局的路，然后在那里碰头，于是，游戏的双剧情线由此展开……

　　在《生化危机》发售后，三上真司立即开始《生化危机2》的开发工作，并且定于1997年3月发售。在《生化危机2》初版完成至80%时，三上真司对此版本极度不满，于是《生化危机2》被迫重新制作，这个被否决的初版往后被称为《生化危机1.5》。同时Capcom表示《生化危机2》将会同时在Playstation及SEGA Saturn平台上开发。在1998年，最终版本的《生化危机2》在PlayStation平台上率先发售，取得空前的成功。