在解决《女神异闻录4 黄金版》的事件后，主人公・鸣上悠再次回到八十稻羽，故事由此展开。《女神异闻录4》中的“自称特别搜查队”将被卷入到全新的事件之中，除此之外，《女神异闻录3》中的原“特别课外活动部”的成员们也将以长大后的姿态在本作中登场！