不久之后他们发现了被关押的Judith Mossman，Judith表示自己其实是服务于反抗军的双面间谍，尽管Alyx并不信任甚至依然憎恨她，不过弗里曼依然选择与Mossman博士合作。在经过非常曲折的过程之后，弗里曼博士一行人最终找到了“北极光”，Alyx坚称自己已经向亡父发誓自己一定会摧毁“北极光”，她已经在船上设置了自爆装置，“北极光”会驶向联合军的核心爆炸。Judith反对她的决定，她冲向“北极光”想要解除Alyx的设定，不过却被Alyx直接射杀。
最终Alyx和弗里曼乘上“北极光”冲向联合军指挥中心的核心执行自杀式行动，但是在过程中，G-Man出现在了Alyx Vance的眼前，“现在跟我来，我们有地方要做有东西要去”（Come along with me now, we’ve places to do and things to be），Alyx跟着G-Man离开，留下弗里曼博士眼睁睁地随着“北极光”驶入联合军的指挥中心爆炸。他看到了联合军强大的力量、自己的努力是如何徒劳，他看到了一切，最主要的就是“北极光”号，这艘原本能够反抗军最强大武器的研究船，最终是如何徒劳无功地炸成碎片。
不过弗里曼最终没有死于这场爆炸，弗地冈人将他从船只上来了出来扔到了一边。在信的最后，弗里曼感叹，老朋友们要么销声匿迹，要么已经折戟沉沙，他不再认识、认可大多数研究团队的成员，尽管他相信着反抗的精神依然存在。他期待着“你能采取比我更为恰当的行动，我把这交给你了”，而这就是弗里曼的最终章。
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