巴西寨卡病毒蔓延
巴西国内卫生问题也让人担忧。由于巴西寨卡病毒蔓延(该病毒可导致新生儿小头症以及眼病)，5月份，多国150多名医生科学家联名向世卫组织发公开信，呼吁里约奥运会应因寨卡病毒而延期、取消或另选举办地。世卫组织随后否定了这一判断和提议。
图为2016年6月2日，巴西累西腓的小头症患儿，因患眼病戴着眼镜。
巴西海湾发现含有大量“超级细菌”
除寨卡病毒肆虐之外，今年3月，在将举办帆船、划艇等赛事的巴西海湾发现含有大量“超级细菌”，一旦被感染，死亡率可高达50%。里约在申奥时许下的清理海域80%垃圾的诺言，如今已然承认无法兑现，只能保证让比赛海域水质符合国际标准。
图为2016年1月，里约瓜纳巴拉湾的死鱼和垃圾。
针对有害攻击的模拟练习
图为2016年3月11日，德奥多罗体育中心，巴西士兵进行针对化学、生物、核等多种有害攻击的模拟练习，后方水面上皮筏艇运动员正在训练。
