前作的战斗系统的几乎全部元素在《幽浮2》中都得到了保留，在此基础之上，本作还新增了一个“隐匿”系统（不是靠高级装甲隐身），即在一些关卡中（其实可能超过了半数），由于敌人不知道我军已经潜入，只要我们不出现在敌人的视线范围内（敌人的视线在地图上有所标记），在地图上发现敌人并不会像前作那样直接触发警报。这就让埋伏包围的战术成为了可能，如果你布置得当，即便敌人在你开过第一枪后进入掩体，其侧翼也依然会暴露在你的火力之下，让你能够在一回合内歼灭一队敌人。
只要不踩到地面上的红色区域，敌人就不会进入警戒状态，不过这种效果并不会从根本上改变游戏的战术逻辑，因为在第一次交火以后，除了有特殊技能的部分角色，所有人的隐匿状态都会消失，因此埋伏只能有一次
《幽浮2》的装备与角色培养系统也基本沿用了前作的设计，这部分最大的改动要属新兵种“技师”。技师大抵代替了前作中支援单位的地位，但技师手中无人机的性能可绝不仅限于治疗伤病和扔烟雾弹。你可以把它理解成操作无人机的战场黑客，在2035年的战场上多了许多的高科技元素，而想要和这些东西打交道基本都要靠技师：其功能包括打开电子门、破解保险柜、干扰敌人的哨塔甚至直接控制敌人的机械单位等，在大多数关卡中其作用都不可替代。在必要时，技师还可以指挥无人机直接进行攻击，或给某位队友提供支援，暂时性的增加其防御能力。
技师与他的无人机
另一个变动较大的角色是“突击（Assault，前作中玩霰弹枪的）”，在《幽浮2》中，这个角色被更名为“游侠”。霰弹枪依然是这个职业的标准配置（当然，你也可以给他们装备突击步枪），只是除了霰弹枪以外，他们这次还多了一件近战武器——剑。近战攻击不仅伤害很高、命中率绝佳，且可以在第二次行动中直接突击使用，比枪械限制更少。加上这一职业原本就有的“Gun and Run”技能，游侠无疑是本作最有效的突击角色。只是值得注意的是，相对应的，敌人也有了类似的兵种。
游侠与他的“菜刀”
相比之下，其他角色的变化就没那么显著了（比如狙击手和重武器），各职业的特技也与前作基本一脉相承，只除了少数例外，如游侠与隐匿相关的技能。而且技能的选择依然是每次升级之后二选一，这一点令人遗憾的没有得到改进，角色的个性化培养也因此受到了限制。上一代依附于《幽浮：内部敌人》的Long War Mod在这方面就有一些非常有趣的尝试，只是不知出于何种原因，Firaxis并没有作出类似的设计。
技能设计与前作变化不大
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