提到《超级机器人大战》，让所有机器人作品角色齐聚一堂的剧本也是一大特色。《超级机器人大战 X-Ω》也维持了此项传统，游戏内剧情皆是针对本作全新撰写的新故事。玩家将能够体验到原创主角与参战角色编织出的壮阔物语。