当然一个拥有大型兵器与众多佣兵的组织，是不可能见容于其他军事强权的。就在Snake意外接获Paz生还的消息，得知她被美军俘虏至古巴基地拷问的同时，联合国也表示要查验MSF是否持有核武。由于Paz是唯一知道Zero所在地的关键人物，于是Snake决定趁联合国的「客人」造访MSF时，只身冒险潜入古巴基地，救出Paz与之前冒进救人反而也被俘虏的少年兵Chico。然而，Snake却不知道他与MSF早已深陷谜样组织「XOF」的陷阱当中…
XOF首领「Skull Face（骷髅脸）」。他口中的「讨伐海盗去」又是什么意思？
《合金装备5：原爆点》承继了系列作的传统，是一款正统的匿踪游戏。玩家越是不被敌军察觉与避免杀人，不但对战局极为有利，任务过关评价也会变高。 《原爆点》采用了现行匿踪游戏流行的标记系统，只要利用望远镜或一定距离内举枪瞄准，就能标记敌人以便追踪其动向。除此之外，Snake还带了一个情报装置「iDroid」，玩家可以利用它查阅地图、标记目标地点，甚至呼叫直升机等等。而玩家藉由胁迫敌兵而获得的情报也会收录在iDroid中。
用方向键即可切换武器。初期有麻醉枪、灭音步枪与手榴弹可用
用望远镜即可标记敌兵
超不科学的iDroid。可以用A键标记目标地点，游戏画面就会出现箭头指示
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