与此同时，Snake收到了关于曾经渗透进“大本营”的女间谍Paz（《合金装备：和平行者》女主角，最后一刻暴露自己最终Boss真面目的伪萝莉）的消息，据说Paz并没有死，而是被囚禁在古巴南方的一个美国海军基地。
这个基地建有一个监狱，在这座监狱里美国和古巴的法律均不适用，许多极端的拷问方式都可以在这里进行。了解到这一信息后，一名组织的年轻志愿兵“Chico”（对Paz有感觉），自己擅自开始了对Paz的营救行动。
没过多久，Snake就收到了来自Chico的求救信号，Chico也被敌人抓住了。别无选择的Snake亲自执行了一次潜入任务，以期将Chico和Paz全部救出。而在此时，“大本营”还需着手准备即将到来的核核查。
但是，Snake并不知道，他的决定最终会引出一系列改变他命运的悲剧事件。
