而除了全新的故事章节之外，在《火影忍者疾风传：究极忍者风暴3完全爆发》的自由对战模式中，也追加了100个全新的挑战任务，在开始进行挑战任务前，玩家可以直接在模式内的商店购买已经解锁的补给品，并且也能在战前准备的项目中，调整自己要携带的道具或是使用提升能力的便当等等。而这100个挑战任务的内容大部分都是要在特定的限制下，或是必须达成某些条件来取得战斗胜利，此外任务并会以等级来区分，玩家必须先通过所谓的关键任务来提升等级，才能够挑战更高难度的任务。
而当玩家通过挑战之后，就能够在商店里购买到新的游戏影像，而挑战任务模式也同样能够让前作的玩家以DLC 的形式取得。提到了DLC，这一次在《火影忍者疾风传：究极忍者风暴3完全爆发》中还另外收录了多达38套已上市的角色DLC服装，对于第一次购买本作的玩家们而言算是相当不错的福利。
而《火影忍者疾风传：究极忍者风暴3完全爆发》还有一项让人瞩目的新游戏要素，就是游戏中的过场动画全都是经过了翻新与强化的导演剪辑版本，导演剪辑版除了把过场动画的画质向上提升之外，也加强了画面的对比与光影效果，使得画面的远近感与速度感都有了更加细腻的演出，有如在欣赏动画电影一般，在文章的开始我们已经附上官方释出的一般版与导演剪辑版的比较影片，请各位玩家们自行评价。有关导演剪辑版的动画演出，前作的玩家也同样能够透过下载DLC来体验。
《火影忍者疾风传：究极忍者风暴3》游戏截图：
