在《失落的星球3》中，舞台挪到了比系列首作还要遥远的时代。前作中时常会描述到对冰冻星球EDN-3rd经营殖民事业的跨国企业NEVEC和在这个星球上扎根的“雪贼”互相对抗的故事。而在本作中，将会向玩家揭露这两方为什么会对立，以及这个开端的时间原点。

　　“雪贼”的长老其实是第一次殖民时期的成员，也是曾经隶属于NEVEC的科学家。第一次殖民时期的殖民者在遭到灾难威胁时，被NEVEC所遗弃，因此才会开始憎恨NEVEC。

　　率领第一次殖民者的司令官的儿子在知道父亲以家人安全为先，而把殖民者们遗留在星球上自行逃脱的事实后，又会有什么反应？

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