《地铁：最后的曙光》的游戏操作大致上与前作相差无几，基本的指令如：LT键瞄准、RT键射击、按下右类比施展近身攻击（兼具暗杀敌人的指令）、X键更换弹匣（兼具互动键与击倒敌人的指令）、Y键切换武器（长按可唤出目前身上所携带的武器选单）、A键跳跃与B键蹲下等都是玩家们相当熟悉的FPS游戏按钮配置。而比较特殊的操作就属按住LB键时会出现的指令选单，玩家可以在选单中透过十字键的四个方向以及XYAB四个按键来使用一些比较特殊的物品或道具（其中十字键的上与下在一般状态中，还兼具直接开启打火机与使用医疗药剂的快捷键），例如在前往地表时就必须戴上能够抵挡毒气的防毒面具，或是开启手电筒以照亮黑暗的环境等等。