至于在游戏系统方面，《忍者龙剑传3：刀锋边缘》改良了许多在《忍者龙剑传3》中被玩家们所诟病的缺点，像是对于原本只能随机发生的断骨系统进行了优化，玩家现在只需要使用强攻击来反击敌人的强攻击就能够触发断骨系统。而一向被视为是《忍者龙剑传》系列最大特色之一的断肢表现，也在《忍者龙剑传3：刀锋边缘》中重新复活，这一点想必会让系列作的老玩家们感到十分期待。此外还有许多细节如敌人的AI、关卡配置以及招式的攻击判定等等，皆有以玩家们所期待的方向去进行修正，也让《忍者龙剑传3：刀锋边缘》重新找回了以往的爽快感。

断骨系统的发动条件简化之后，让游戏的爽快程度也因此上升

过激的断肢表现被认为是《忍者龙剑传》系列最大的特色之一

AI经过修正之后，由于濒死状态下的敌人会舍命攻击，因此反而更加危险