根据育成情况可以发动强力的召唤技能。

本作的进化点

本作收录了新剧情“恸哭的X抗体篇”以及“策谋之魔王篇”。支线事件大幅追加，总事件数量达PSP版的倍数。

登场的码宝贝数量也大量增加。可以育成的数码宝贝多达160中，而包括BOSS在内登场数码宝贝共计200种以上。

此外，本作还调整了游戏系统。作为对应3DS双屏的游戏系统，地图会通常显示，还搭载了后面介绍的“数码宝贝之声”的系统。