《孤岛惊魂3》描述了一名来自美国加州的青年Jason Brody，在与亲朋好友一同来到南太平洋小岛度假的途中，一群人不幸遭到当地的海盗集团给绑架而失散。Jason 与他的大哥Grant 虽然趁隙逃出海盗集团的囚禁并计画要去搜救其他的伙伴，但Grant 却被尾随两人的海盗集团首领－Vaas 给无情射杀。虽然Jason 拼命逃往丛林深处，却终究还是在一座吊桥上被敌军拦截而失足跌落湍急的河水中，就在他性命垂危之际，一只刺满刺青的大手将Jason 给救了起来. .....
风光明媚的南太平洋小岛
却潜伏着由残忍的Vaas所领军的海盗集团
身为军人的Grant，是一位可靠的好大哥
却在游戏开始不到五分钟就......
