阿泰尔的革新和蒙古的威胁

在艾尔·慕瓦林死去不久，刺客们为了除去新的圣殿骑士首领Armand Bouchart，他们短暂地把影响力扩张到塞浦路斯并迫使他的部队撤退。

而在12世纪末，兄弟会和圣殿骑士都开始撤退到影子中继续活动，而作为必须的改变，刺客们放弃了他们一直的城堡和建立于艾尔·慕瓦林下的仪式——禁止反对使用毒药和移除无名指使刺客变成残废。

在阿泰尔生命末期，兄弟会曾动员对抗成吉思汗带领的蒙古军队，而在1227年，一个蒙古刺客Qulan Gal成功地从马背射杀成吉思汗（编注：刺客信条小说版的说法是射中成吉思汗的马背，然后成吉思汗掉下马而死），而他的行动引起了蒙古方面的报复行动。在1256年，成吉思汗的孙子忽必烈带领军队攻击兄弟会，并毁灭掉兄弟会在地中海东部大部分的据点。