而在本作透过时空之扉门(Gate/ゲート)来展开跨越时间与空间的剧情分歧系统历史穿梭(Historia Cross/ヒストリアクロス)部分，由于本作就算是同一个时空区域，也会存在复数的门，因此随着玩家们先启动进行哪个门的剧情，都将对之后的时空区域产生变化。举例来说，像本作登场的这个「比尔吉遗迹-AF005-」(Bilge Ruins -AF005-/ビルジ遗迹-AF005-)区域，全部共有三个门存在，也就是说玩家们能够选择进行的时空区域剧情共有三个不同走向，随着玩家们自由选择要从哪个门开始进行故事，都将会对接下来的世界产生改变。同时玩家们曾经开启过一次的门如果关闭起来的话，这个时空区域将会回到玩家们初次来访时的最初始状态，因此玩家们就算不小心在剧情里做出错误选择，或是有最初来访时所无法打倒的怪物，也可以透过再次开启回到这个时空来重新再次挑战!