人物成长系统方面，《神鬼寓言3》舍弃了前两代肉搏／魔法／射击经验值的区分设计，玩家击倒敌人后现在只会获得公会徽章，累积足够的徽章后就能解锁攻击力、新法术、新的互动表情等等。购屋、经商、结婚的权限也要消费公会徽章才能解锁。

《神鬼寓言3》的人物成长系统整合成单一经验值，玩家可以决定要用这些经验值（左上角的公会徽章数字）先解锁哪些技能或奖赏，像是新的互动选项、新的魔法，还有购买房屋乃至于结婚的权限。

玩家可以进行小游戏来打工赚钱，也能买房收租。

《神鬼寓言3》在单机游玩之外，还支援单机双人合作与线上双人合作的功能：单机双人时两个英雄得在同一个画面行动，透过Xbox LIVE进行的线上双人则否。玩家在游戏中杀敌或解任务都会获得公会徽章供解锁新能力之用，而在合作游玩时，加入他人游戏的英雄可以把得到的公会徽章与金钱、宝藏带走，但无法储存游戏进度（只有开场玩家可储存世界进度与变化）。两名英雄结伴冒险时可以结成生意伙伴，平分连线合作时所有的支出与所得；如果玩家想再进一步，还可以跟其他玩家结婚乃至生子（「公，我要去当兵了，我们的孩子就靠你照顾了」），组成甜蜜家庭。