游戏的基本操作也与前作相同，X、Y、B键分别对应肉搏攻击、火枪射击与魔法，玩过前作的人可驾轻就熟、轻松上手。

游戏的故事从玩家的宫廷生活展开，与兄长的对立逼得玩家离开王宫，踏上革命之路。

游戏的字幕全部经过中文化，玩家也可在选单中自由切换显示的语言。

不过《神鬼寓言3》在沿用前作设计的同时，也新增了不少要素，像是牵手、延长表情效果等额外的NPC互动方式，以及最重要的「庇护所」功能。完成一开始的半教学式引导后，玩家就能进入庇护所：庇护所整合了人物装备、地图移动与经营管理的功能，玩家在游戏中按下Start键就能随时回到这里，利用里面的设施。

《神鬼寓言3》将装备、地图等所有的选单介面功能整合在庇护所里。