我们先从RPG要素看起。 《Alpha Protocol》采开放式的人物成长系统，玩家每次升级（完成行动目标可得到经验值）都会获得技能点数，可自由分配于匿踪、武器、道具等不同的类别，强化Thorton现有的能力或学会新的技能。游戏开始时提供了几种现成的职业（技能配点组合）供玩家选择，想自由调整技能的人可以选择Freelancer自行分配点数，追求挑战的玩家还可选择菜鸟（Recruit），放弃初期所有的技能点数换取额外的对话选项。玩家也可在有限的幅度调整Thorton的外观，像是发型、胡须、眼睛颜色与肤色深浅，更换不同的服装（各服装的属性不同）亦会改变人物的造型。
人物预设背景之一的Veteran，要先以Recruit背景完成游戏一轮才会解开。
如果看腻主角的小平头，可以帮他换个发型甚至戴上大胡子。
被摄影机拍到的话会触发警报，除了要应付循声而来的敌人，还得进行小游戏手动解除警报。
