如果说，世界上只剩下一名人类，你希望他是以何种状态生存？
在《无菌饲育箱》的世界，便存在着这样一名被真菌包裹长达数X年的少女。在人类被有毒真菌逼进地下生活的这段时间里，因AI的操作失误，地下世界已不见人类的踪迹。而玩家所扮演的看护机器人将在一处废料工厂中邂逅这名名为“托莉可”的小姑娘，同时邂逅的，还有这台参与毁灭人类的工厂AI。
登场人物
这台大头显示器上仿佛插了两根“葱”的机器人，就是玩家将扮演的游戏角色。这个为了人类勤勤恳恳工作一辈子，到最后却被当做固体垃圾扔到了废料工厂的苦逼“社畜”，意外苏醒后的工作竟然还是照顾人类，不禁让人感叹命运的安排是多么的不讲道理。
眼前这位头戴蟹钳发箍（也可能是变异的结果），漂染了一头灰绿渐变色的女孩儿，就是游戏中需要着重照顾的对象“托莉可”了。这位人类少女不知道被真菌糊了多少年，免疫力低到吓人。可以说游戏中40%的时间都花在各地奔波寻找医治她的办法。笔者经历过的就有因被碎石砸中导致的骨折；莫名其妙身上开始携带大量电力的电电麻痹症；甚至连普通感冒都有夺取他生命的可能。据说后续还会出现诸如液化、寄生虫、小鸡症、僵尸症这种看起来比较恶心的症状，不得不说《无菌饲育箱》导演兼角色设计师“古谷优幸”的脑洞着实有点大。
这台巨大的显示器，是玩家在游戏中可以交流的对象之一。游戏前期玩家所有可制作的物品图纸都是经由他的数据库传来的。而在游戏中期解锁“人类补完计划”之后，他还会帮助我们将制作图纸进行优化，节省了近50%的资源消耗，可以说是一位非常重要的伙伴了。
当聚齐这“三剑客”后，游戏便正式开始了。而首当其冲的便是打造一处适合托莉可居住的场所，玩家需要进入迷宫找到制作呼吸系统和玻璃房子的特殊素材。这也引出了游戏中的主要玩法——迷宫探索。
后期略显重复的迷宫探索
《无菌饲育箱》作为一款迷宫探索式回合制的Roguelite游戏，即每当主角做出移动、使用武器、道具等动作之后，就算主角完成了一个回合，之后迷宫内的怪物也会做出一次行动，然后又回到主角的回合。因此，玩家需要根据怪物的行动，来决定自己采取哪种行为可达成利益最大化。不过实际玩起来并没有这么复杂，因为其Roguelite的规则以至于玩家在迷宫中被击败并不会对结算造成什么影响，只是需要从第一层重新开始。
迷宫部分采用了随机生成模式，并且拥有战争迷雾覆盖，限制了玩家的视线范围，维持了游戏的新鲜感和可玩性。但随时差异性略低，许多地图在后期都能看到之前探索的影子。
在迷宫中可以得到食物、素材等等道具，但有各种各样的敌人阻挡着玩家前进的脚步。即使是在战斗中，也要观察饲育箱中的情况，如果少女出现问题需要及时返回。
而在迷宫探索中，会遇到各式各样的敌人，但种类的单一导致遇到的怪物以换皮怪居多。后期动辄十几层的迷宫也让笔者对探索迷宫感到厌烦。尤其是具备引力的敌人，会将周围所有的生物吸引到自己周围，这种情况笔者要么使用道具赶紧逃离，要么双手离开乖乖等死。
谈到结算奖励，就不得不提游戏中制作物品所需要的资源了。在《无菌饲育箱》中，将消耗的资源划分成四类，分别为有机、无机、能量和污染。不同类型的物品消耗的数量也各不相同。而收集这些资源的唯一途径就是前往随机生成的迷宫获取道具，到了最终结算系统会自动将这些道具分解为能量资源。但在存放食物的过程中笔者经常将本该存进储藏箱的食物分解掉，导致小姑娘有一段时间只能吃储存箱底下找到的“变异蟑螂”。
作为看护机器人，主要的职责是照顾主人。但现在为了获取维持生存的资源，玩家必须进入迷宫战斗。由于Roguelite的规则，导致玩家每次进入迷宫等级以及物品都会被重置，能保留的仅有职业以及技能零件。而这里日本一将RPG的元素加进了游戏中，从而形成独特的战斗系统。
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