帝皇首先创造了二十位人造半神被制造了出来。他们各自继承了帝皇的一部分力量，是完美的基因原体，这些具备帝皇知识和力量的强大子嗣，就是他即将开展的“大远征”计划的核心。

大远征就是帝皇统一全银河的手段。他意在让支离破碎的人类重新纳入自己的统一领导当中，而要想在险恶的群星之间重铸秩序，他就首先需要一支忠诚又强大的军队，基因原体将会成为这些庞大军团和帝国的未来领袖，但半神的诞生过程被干扰了，在混沌诸神设法突破了帝皇的防护，将还在襁褓中的基因原体们四散在了银河当中。于是大远征的目的又增加了一条，帝皇不仅要统一离散的人类文明，还要率领基因战士军团去搜寻他们失踪的基因先父——所有星际战士都诞生自基因原体的遗传信息，这些后人类超级改造士兵与帝皇本人和他的原体都有着血脉的关联，也是帝皇伟业的关键所在。

大远征横扫星海，星际战士军团与紧随其后的其它帝国武装力量在银河中势不可挡。一个又一个失落的人类星球被收回到新生帝国的版图中，而所有阻挡的异形敌人和反对者都被毫不留情地消灭，在这场征战中，所有失落的原体们也都被再次发现。他们纷纷向自己的父亲宣誓效忠，然后接管了属于自己的星际战士军团的指挥权，再次向星辰开拔。

帝皇在大远征的过程中以“帝国真理”来对抗混沌腐化。帝国真理是一种集理性、科学以及进步为一身的思想体系，它声称唯物的银河之中没有超自然力量，更加没有所谓的神明，人类能够通过科技进步和团结的意志战胜一切。帝国真理能帮助人类破除纷争纪元遗留下的黑暗愚昧，让理性的光辉重新照耀银河，从而在根本上遏制住邪神的力量来源——但帝国真理并非真相，与我们的现实生活不同，在40k宇宙中，邪神和恶魔都是无比真切的存在，人类的敌人们并非对此毫无准备，它们早已开始了布局，只待其生根发芽，插入帝皇的心脏。

在四尊邪神的共同腐化下，战帅荷鲁斯，帝皇最为信任的基因原体以及帝国全军的总战帅，率先堕落了。他在外星世界上遭遇了一场意外，魔剑留下一道伤口，随后亚空间的低语诱惑便随之洪水般涌入。当战帅决定对自己的父亲举起反旗时，他也被注入了诸神的毁灭力量，使得他的个人实力和影响力都进一步暴涨。背叛的战帅最终引发了撕裂整个帝国的叛乱。在这场内战中，近乎一半的星际战士军团及其原体都加入了他，而追随他的其他帝国军事力量更是不计其数。

兄弟阋墙，战火焚天，曾经团结起来光复星海的星际战士军团如今刀剑相向，整个银河都被这场名为荷鲁斯之乱的内战点燃。虽然荷鲁斯在泰拉的决战中最终死于帝皇之手，但这场浩劫的影响流毒深远，永远没有结束。荷鲁斯之乱分裂了帝国，无数生命与帝国设施毁于一旦，帝国失去了无数聪慧的头脑：帝皇被荷鲁斯重伤至濒死，不得不登上黄金王座的神秘延命机器，他在那之后再也无法直接引导帝国，宰相马卡多和许多原体都死于这场冲突，更多的原体则在之后的一百年间逐一陨落或是消失在历史长河中。星际战士与帝国大众之间的信任纽带被彻底斩断，帝国的所有军政体系都被彻底重组，从星际战士军团到帝国海军陆军的每个部门都被打散拆解，从而防范此类“仅靠一人便能统御半个帝国的军力”的人祸再次发生。大多数战后的安排都由罗伯特·基里曼推动，他是帝皇二十位基因原体中最为理性，最懂得治理之法的一位。

帝皇登上了黄金王座，他濒死的肉体在这神秘的古老机械中得以保存，他就此成为了神话和传奇，而不再是行走在人间的伟大领袖，他的意志和强大灵能依然在物质世界以外的层面激战群魔，捍卫人类的精魂，他在泰拉点亮了照耀银河的星炬灯塔，但自己却再也不能亲自参与帝国事务。

失去了帝皇，失去了宰相，失去了基因原体的领导，再失去了信任。人类帝国在即将到来的黑暗时代面前瑟缩起来，畏惧不已，没有放过这个机会的外星敌人迅速杀回，而混沌力量自然也加大了渗透的力度。如今，在混沌邪神的力量直接明确地横扫银河之后，所有人都目睹了帝国真理的谎言本质，银河中不仅存在神明，而且它们渴求着人类的毁灭。

信仰成为了新时代的救命稻草。帝皇曾经在全帝国境内发动消灭迷信的运动，但这位人类之主如今口不能言，不再能制止他人的直接行动，同时，他那强大的亚空间力量又是真切错在的，这一扭曲现实来维护帝国的伟力便成了是凡人眼中的神迹，帝国中的所有人类都在帝皇登上黄金王座之后开始了衷心祈祷和信仰，将这个一辈子都在破除封建迷信的人当作唯一真神来崇拜。略显讽刺的是，这种物质世界活动，竟真的强化了帝皇在亚空间的能力，同时，也真的能够对混沌邪神及其下仆进行有力回击。信仰是一剂带毒的救命药方，它不是帝国最好的选择，不是帝皇愿景中的的胜利之法，但如今的帝国别无选择。

随着帝皇的倒下，文化和科技方面的开明也结束了。在邪神和混沌恶魔真切地存在的宇宙中，过度的思想自由会招致混沌腐化，为了对抗这一无处不在又不可能彻底排除的真实威胁，帝国的统治者们不得不举起了无知之盾。泰拉政府、国教和审判庭等诸多组织机构会不惜一切地掩盖关于混沌的真相，保持人类整体的反智理念，同时进一步压迫对于创新的追求。无数代人因这些严酷举措惨死，但这些都是必要之举——无知地活着要好过被混沌腐化之后更加悲惨的结局，在这么一个“真正存在恶魔”的世界里，那丈量万事万物的道德尺度都会与我们的现实生活有着巨大区别。如果对进步的排斥足以拯救帝国的亿万苍生，那么代替帝皇守护人类的掌权者们就会毫不犹豫地将其推行到底，再高昂的代价都不能与人类种族的存续放在同一个天平上衡量。

进步的时代就此结束了，在新的黑暗岁月中，人类的首要目的是单纯地存续。