但和XCOM利用走位和掩体推进的战术射击不同，《战锤40K：机械神教》的战斗规则的要义是引导玩家进行资源管理。游戏中的各种高级武器和技能均需要消耗CP点数才能使用，而CP点数的供给量实际上非常有限，必须通过杀死敌人或是从分布在场景中的某些设施上采集才能获取。
这些有限的CP点数需要玩家十分合理地分配才能发挥效果，如果运用不得当，就会处处受制，让我方人员无法进行有效攻击。这一围绕资源管理展开的战斗模式影响了战斗的方方面面，让哪名角色进行收割，哪名角色走位占领资源点，又要派出哪名角色的伺服头骨协助收集CP点都是玩家在游戏中需要时时思考的问题。
在战斗之外，玩家同样需要时刻注意资源管理。在进行角色自定义时，需要为每名角色从武器装备库中选出合适的武器和装备。提前计算好他们每人可能需要消耗的资源，再派他们外出征战。
同时，游戏还有科研点数需要管理。玩家在探索太空死灵的基地时可以获得各种科研奖励加成，这些资源可被回收到基地当中，用以研发科技，修理受伤的机械神甫或是在战前安排雇佣兵参战。
由于机械神甫们即便在任务中受伤，也能通过点数进行回复，所以，一次两次的战斗失败和人员伤亡其实并不可怕，毕竟我方机械神甫仍然可以保持1血状态回到基地。而一旦资源管理不当，导致科研点数消耗殆尽，既不能健康出战，又无法完成任务，才会让游戏陷入死局。
《战锤40K：机械神教》战斗系统的另一大特点在于可以灵活运用的行动力和武器装备。
在战斗当中，玩家可以让我方角色任意行动，只要行动力没有耗尽，即可随意走动，攻击，再走动，由此也创造出了一些更加灵活的战术。
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