2108年，人类探险队离开地球。不同的探险队用简单连续的号码来命名，而探险队离开地球后很快就和地球失去了联系。《超越善恶2》的世界“System 3”就是由3号探险队发现的。
2223年，伽内什（Ganesha）城市建立。游戏将其设定为一个太阳系，开发人员表示，星系周围同样会有惊喜。开发人员不想去创造“数以百万计的行星”，但是创造的行星都有自己的故事和意义。就像伽内什（Ganesha）就是因为玩家在来到这个星球时，看到的是一个类似于印度次大陆形状的世界。
2314年，一艘巨大的星际航舰遭到袭击，船员被杀害。由此引发了一系列的神秘事件。2360年，System 3变得十分繁华富饶，随之繁荣的还有海盗们。System 3进入了海盗的“黄金时代”。
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