《新月剑痕》设置了平行剧情系统，玩家在游戏第一轮结束之后，可再藉由读取破关后的存档，重新开始第二轮游戏，透过“平行剧情系统”将会发现一些不同的部分。像是新取得的物品，或是之前未曾发生过的事件，而这些环环相扣的部分，都将引导玩家走向真正的结局。

　　在众多陆续加入队伍的女性角色身上，还有一项看不见的数值─“心动值”。这个数值代表该角色对主角的心动程度。随著事件的发生与玩家的选择而有所增减，这项重要的数值，将会影响到游戏意想不到的最后结局。

　　游戏中共有28项母技能供玩家学习，例如剑术、体术、治疗、杀价等。某些母技能都还包含许多子技能，比如酿酒技能，就包含酿制高梁酒、女儿红等。某些特定技能到达一定的熟练度后，还能领悟隐藏的技能。