《太平洋海战：巨人安泰崛起》的故事发生在2032年，一些旧时的独裁者（Old Guard）计划以外星人的威胁为理由，要求世界政府向他们寻求保护以使自己能重获失去的权力。但事实上所谓的“外星人威胁”完全是由它们自己一手控制的。此时的世界，在经历了2012那场世界人民与Old Guard的战争后已经建立了世界政府，并销毁了几乎所有的武器，所以面对Old Guard显得十分无力，唯一的希望就落在了Antaeus，一艘在2012战役后被凿沉的巡洋舰上。

　　玩家在游戏中扮演Antaeus的指挥官，最开始需要与Old Guard对抗并寻找失踪的分队成员，在奇异生物失去控制后，则要竭尽全力阻止奇异生物，最后与奇异生物的核心：一个活的、有生命的且在不断生长的小岛同归于尽。在游戏中玩家可以指挥由“灵魂芯片”控制的作战单位，也可亲自出战，这一设定相当新颖。