《遥远的时空中2》讲的是前作结束100年后的故事。主角是一位高中一年级学生，一天放学回家时，突然被一团光包围着，然后就被带到称为“京”的异世界去了。

　　那时候的京，正分为帝和院两股势力，就连贵族甚至平民都分成帝派和院派。另一方面，花梨虽是被龙神挑选出来的龙神之神子，肩负拯救京的重任，但为了守护神子而被选出来的八叶，却并不认同花梨是神子，而且八人之间亦因为分裂成两个政治党派而彼此不和。花梨一边要令八叶成为自己的伙伴，一边则为拯救京而努力。