在前作的故事中，地球受到外星人的袭击，一群邪恶的地球人吸收了“X能源”，成为外星人手下肆意破坏的傀儡，而一部分正义的地球人同样也吸收了“X能源”，他们在Minute Man的领导下建立了名为“自由力量”的组织，他们利用“X能源”赋予的强大力量来对付外星人。最后，正义战胜了邪恶，外星人也被赶出了地球。

　　作为续集，《自由力量vs第三帝国》将故事延续了下去，英雄们经过那场战争后都恢复了平静的生活，钢铁人Man-Bot的神秘失踪使得整个“自由力量”组织到处搜寻，魔法师Alche-Miss利用预言力量发现了在上次战争中侥幸存活下来的老对手Nuclear Winter，他召集了以前的几个旧部下，与同伴Time Master策划了新的阴谋。Time Master将时空之门打开，Nuclear Winter等人进入时空之门来到二战中期，他们将“X能源”注入轴心国士兵的身上，使其成为一个无坚不摧的第三帝国。

　　德、意、日三国的首领Blitzkriegz、Fortissimo、Redsun也吸收了“X能源”，他们率领的第三帝国将与盟军展开激战，企图改变历史。如果历史被改写，Nuclear Winter的阴谋将得逞，Minute Man等人就会在那个世界消失。Minute Man从Alche-Miss那里了解情况后，马上重新编排“自由力量”的成员，通过时空之门到达二战时期的欧洲战场，阻止Nuclear Winte的一切阴谋。