主线任务-内贼
斯特吉给了你一支全像卡带，可以用来扫描学院的电脑网路并寻找有用的资讯。你只需要在学院终端机上执行它，然后再交回给斯特吉分析就行了。
进入到学院，去到前方的控制台前，操作终端机，按R键就可以进行网络扫描。
可是回头的装置并没有被激活，所以之后走到前方的电梯，此时听见一名叫作父亲大人的人一路在劝说着你。
落到下层搭乘另一趟电梯去到一名酷似尚恩的男孩所在的房间，与那名男孩（其实他是尚恩的复制品）对话，他会哭诉着要找父亲大人，此时一名自称是父亲大人的老者就会出现。
父亲大人坦诚告诉你，他其实就是你的儿子尚恩，因为从你休眠直至苏醒，并非过了10年，而是60年。
当年学院为了寻求不受污染的DNA，就选择了111号避难所的婴儿，也就是尚恩。如今的尚恩已经成为了学院的最高领导人，他坚称学院的做法是在拯救全人类，其他人对他们的误解一概不顾。
最后尚恩邀请你加入学院或者是与之为敌，还记得维吉尔所需要的血清吗？这时候你有三个选择，一是加盟学院然后去到维吉尔以前的办公室盗窃血清，二是返回地面告诉维吉尔死心，三是攻打学院的时候搜刮血清。
笔者选择了与学院为敌（毕竟过了这么多年，眼前此人正是你失散多年的老妈，居然都是用“你”来称呼，加上学院的种种血腥恶行，因此尚恩实属不忠不孝不义之人）。
这时候就要返回到最初进入到学院的地方，然后传送回到地面（学院其实是在地底），然后将扫描结果交给斯特吉。
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责任编辑：向南
