“爱国者之枪”事件·爱国者AI系统覆灭
之后斯内克来到欧洲，找到了引他来此的伊娃，以及大首领的遗体。然而左轮的军队也追上了伊娃和斯内克，在和左轮部队的追逐战斗中伊娃死去，斯内克重伤，大首领的遗体则焚毁。左轮利用大首领的基因骗过了爱国者的AI网络，夺去了控制全世界武器枪械的“爱国者之子”系统。逃往影子摩西岛偷取了合金装备霸王的核弹头，去毁灭爱国者的中枢AI：JD。在最后的努力中，斯内克和他的战友们进入了左轮的海上基地：“玄武”级战舰，那里承载着被左轮重新利用的GW系统，左轮的阴谋是毁灭JD后，用GW取代JD，从而控制全世界。斯内克破坏了左轮的行动，向GW上传了活狐病毒。“活狐”以GW为跳板，摧毁了所有爱国者AI，世界被从爱国者的统治下解放出来。
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