结果蝙蝠侠亲自押送小丑也会出岔子，一进门小丑就在小丑女（哈莉奎茵）的帮助下顺利逃脱，蝙蝠侠被关在了疯人院里。于是小丑嘲笑蝙蝠侠智商堪忧，每个爱作死的反派都是这么嚣张，其实在他们的心里是怕极了蝙蝠侠的。
哈莉奎茵接着绑架了院长，原来小丑早已安排曾经在黑门监狱的手下来到这里，这一切都是早有预谋的。
注意这里，《阿甘起源》的结尾，小丑被抓获，是送进了黑门监狱，而这里是送进疯人院，所以不要误以为《阿甘起源》的结尾就是《阿甘疯人院》的开头，这是错误的。《黑门》这部被喷的最惨的作品，就是证据，因为它才是起源的续集。系列正确的时间顺序请看第一页。
蝙蝠侠临危不惧，于是开始了和小丑的智勇对决，顺便还黑了下哈莉奎茵的智商。
这部里蝙蝠侠的联络员，是戈登警长的女儿芭芭拉，代号先知，不过芭芭拉整个游戏都未出现，在《阿甘起源》里，我们可以见到年轻时的芭芭拉，那时的芭芭拉腿还没有残废。
蝙蝠侠要找到被绑架的戈登警长，并告诉芭芭拉他父亲还活着。
在寻找戈登警长的路上，蝙蝠侠的心灵被稻草人所控制，眼前出现了幻觉。
打开尸袋后小编直接吓尿，这是整个系列最恐怖的地方。前两个竟然是蝙蝠侠父母的尸体,最后那一具...是稻草人。之后在游戏中还会遇到几次稻草人的幻术，不过只要用强光灯一照，自然就破解了。
哈莉奎茵确实智商感人，蝙蝠侠轻而易举就解决了她，救出了戈登警长。
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