直升机平稳地运行在返回基地的航线上，坐在机舱里的是完成了任务的Big Boss。
Chico已经得到了军医的治疗，心情也平静了下来。他看着眼前躺在担架上、奄奄一息的Paz，心中再次涌起了难以言表的不甘与悔恨。
血迹斑斑的囚服让Chico感到不安，他撩起了Paz的衣服，而被掩盖在之下的是腹部手术后缝合了的巨大伤口：他立刻想到了最糟的情况。
“Snake，Snake！”Chico惊呼。
Big Boss回头一眼就看到了状况：“军医！”
他把Chico抱到了座位上，自己选择了一个更加能看清状况的位置。医疗兵也迅速从座位上起身，检查了Paz缝合了的伤口，双手挤压着她的肚皮。还没等他得出结论，Big Boss就已经看出了端倪：“他妈的她被绑了炸弹，我们被算计了！”
“我们得把它弄出来。”这位军医也是军事无国界组织里有经验的老医生，他马上戴上了医疗手套，果断地下出了结论，“没时间打麻醉剂了，咱们现在就必须给她开膛。”随后就转身去准备手术用具。
Chico的眼神里充满了迷茫，就连Big Boss也双手合十，像是在祈祷着平安一般。如果炸弹就要爆炸，也许通过舍弃Paz、将她扔下海就可以保住自己的性命，但是将他们领向Cipher的唯一线索也将随之灰飞烟灭。
“你按紧她，按住了！”一瞬间的软弱无法击败这名刚毅的硬汉，他大吼着命令Chico，明确地让这位失去思考能力的青年重新振作起来、做自己能够做到的事情。
Chico双手按住了Paz的腿，Big Boss则按住了臂膀。军医拿起了剪刀与镊子，顺着缝线的纹理为Paz拆线。之后他用专业的工具将Paz肚皮上的大洞撑开，双手直接伸进了Paz的五脏六腑、摸索藏在里面的炸弹。
战争就是这么残酷，即使是对楚楚可人的小女孩，只要能够达到自己的目标，怎样的事情都能做得出来。被开膛破肚的Paz因为难以忍受的痛苦从昏厥中惊醒，撕心裂肺地叫了起来。她下意识的极力挣脱被Chico与Big Boss按得紧紧的。
“不要让她的内脏掉出来！”
面部表情扭曲的，不仅是受到肉体痛苦的Paz，同时也有看到这一惨状的Chico。
随着Paz最后一声惨叫，军医从她的肚子里取出了一个黑色的盒子：“Boss。”
Big Boss把它接了过来，听见了里面滴滴的倒计时。炸弹的背后印着具有象征意义的和平标志。他打开舱门，将其抛入了大海。
“呼吸平稳，没有出血。她没事，我这就给她缝上。”军医汇报道。“把她按稳，我要采用连续缝合。”
直升机机舱里的气氛终于缓和了下来，飞行员开始向基地报告：“指令塔，这里是Morpho One。所有直升机已经起飞，我们会合后就返回基地。”
“Boss，有通给你的电话。Boss，能听到么？”
“怎么样了，Huey？”Big Boss也很关注那边的情况。Huey是Big Boss军事无国界组织的领头科学家，在他带领下的科技研发小队不断地为他们的部队提供着物资补给与高科技的武器装备。因为Huey的存在，Big Boss得以拥有属于自己的、名为ZEKE的合金装备。
“我们的‘客人’准时来了。”Huey报告说。“我们已经毁掉了文件，机库的封印也已经完毕。装甲车全都运走了，ZEKE和核弹都也存放在了海底。所有人都已经背熟了故事。你回家的时候我们的向导肯定就已经把所有问题都解决了。”
“让我为你们感到骄傲吧。”Big Boss说。
“他们走了之后，国际原子能机构一定会把咱们当成世界和平的先驱而赞誉的。完毕。”Huey挂断了通讯。
Big Boss他们的直升机加入了更安全的护航机群，继续向基地返航。然而此时，他们却与基地失去了通讯联系：“塔台，这里是Morpho One，你能听到我们么？！打不通呀，链接应该没有问题，但是……”
Big Boss打开了机舱，向外望去，看到的却是海面上倒映着的冲天火光。船只爆炸起火、正在下沉，而随后看到自己亲手建造的基地建筑群也爆炸连连、开始倒塌。他怒视前方，端起了手里的全自动步枪，准备与敌人交火。
还在爆炸，即使是只接受过初等教育的小学生也能看出这个地方已经没得救了。正在这时，Miller在基地平台上战斗的身姿出现在了Big Boss的眼里。
“看，是Miller指挥官！”飞行员也确认了Miller的存在。
而在Miller及他身旁小队枪火的另一侧，则是全副武装之未知部队的火力压制。Big Boss架起枪，开始向他们射击。而与此同时，直升机也在缓缓降落，准备营救Miller小队。
“敌人直升机！”
刚刚着陆的Big Boss抬头就是一梭子扫射，瞄准的就是敌机的螺旋桨。精密的仪器难以承受住如此精准的子弹，很快这架直升机就失去了对抗万有引力的升力、旋转着砸向了地面。
一发火箭筒飞向了人群，Big Boss横身侧扑、在爆炸后很快进入了匍匐姿态继续射击。他随后起身与一名士兵一起搀住了Miller，一面退向直升机边一面将愤怒的子弹射向敌人。
“动起来！”
士兵们在与敌人的战斗中占了下风，毕竟为了回避国际原子能组织的调研而将大量高科技武器藏了起来。看着周围保护自己与Miller的战士一个接着一个中弹倒下、与自己一同浴血奋战过的手下英勇牺牲，Big Boss一声怒吼，把Miller推上了直升机，转身冲下了平台，屠杀掉了周围大批的敌人。
“Snake！”Miller大叫，并且伸出了右臂。Big Boss也不会让怒火占据自己的理智，他一把抓住了Miller，登上了直升机：“快走！”
直升机缓慢离开了基地，而在高出，Big Boss与Miller亲眼见证着用自己的血汗缔造起的军事无国界组织与基地一同陷进了火海。平台塌方了、指挥塔也倒下了……不忍看到这一幕的Big Boss默默地关闭了舱门。
Miller满身血迹，瘫软地坐在地上。金色的头发与象征性的墨镜也不能让他像平常一样给人带来镇定的感受。他怒火中烧地说到：“调研完全就是个烟雾弹，我听到了爆炸，然后……他们把咱们当小孩子一样耍了！”他握紧了他的拳头，然后双手把在了Big Boss的肩膀上：“给我弄回来！这怎么能行！那可是我们……”一下窜起来，一拳砸在了舱门上。“我们亲手建起来的呀可恶！”
他把眼睛转向了旁边躺着的Paz，双手掐住她的脖子：“你个间谍小婊子！你来呀，你最好快他妈说点什么有用的东西！快给我醒过来说点什么！”
不知道是Miller的呼唤起了作用还是什么原因，本来经受了如此苦难、陷入昏迷的Paz一声咳嗽突然醒了过来。她坐了起来，然后甚至站了起来，完全不像是刚被开膛破肚的柔弱女子。
Miller还不依不饶，指着Paz的鼻子骂：“你这个小贱人……”随后就被军医拉到了座位上，稳定情绪。
Paz激动地说到：“炸弹，我身体里有……”
Big Boss伸出双手，企图让她安心下来：“没事了没事了，我们已经拿出来了。”
Paz喘息着，按下了打开舱门的按钮，退到了门前：“还有另一个，他们放到到了我的……”随后就跳了下去。
“不！！！！”
而话音未落，重力加速度还不足以让Paz离开飞机足够的距离，轰的一声巨响就把弹出舱门想拉住Paz的Big Boss给炸回了机舱。头重重地砸在了钢铁的另一侧舱门上，这架直升机在冲击波下也难以掌握自己的平衡。而在Big Boss意识里留下的最后一幕，是即将撞上来的另一架直升机已经出现在了自己眼前……
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