随着游戏进行，还会遭遇到身穿装甲必须先扫晕攻击才有效的敌人、拿着刀械没办法一般反击的敌人、甚至拿着枪枝从远处进行高威胁攻击的敌人等，每种都有相应的处理方式，让战斗过程增添变化与思考空间。

　　解谜完成、进度推进以及每次结束一场战斗，蝙蝠侠都会获得经验，可以用来提升基本能力。能提升的能力有近战相关、隐密行动相关等各种分类，有些技能还会解锁特殊的战斗动作，进一步提升蝙蝠侠的战力与作战乐趣！

　　《阿甘起源》的故事时间点设定在前面两部作品更早之前，比《阿甘疯人院》还要早的时间，这时是布鲁斯．韦恩刚成为蝙蝠侠第二年。游戏一开始，蝙蝠侠一路追查着反派角色黑面具（Black Mask）的行动，遭遇第一场Boss战斗对战「杀手鳄（Killer Croc）」。在战胜这个突变人之后，从他口中得知黑面具雇用了8名实力派的罪犯作为刺客，在平安夜悬赏蝙蝠侠的人头。

　　虽然管家阿福说…只要蝙蝠侠整个晚上别出门，刺客们不就拿他没皮条了？但是蝙蝠侠知道，如此一来黑面具和刺客们就会开始伤害无辜的民众引他出现，既然如此不如他主动出击去捣毁黑面具的计画。为了找到黑面具，他决定先找到一个有力的情报源…所以他把矛头指向「企鹅先生」。

　　为了锁定企鹅先生的所在，蝙蝠侠先在城市中拦截到了企鹅先生手下正在进行的非法交易。

　　二话不说冲下去撂倒了所有人！

　　然后再「请求」一下对方提供线索。

　　辗转追查之后，锁定了企鹅先生人就在这艘船上。

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