《战锤：混乱之痕》的剧情设定在发生在大决战之后的几年时间里，在帝国大陆上已然存在着激烈的战斗，残余的混沌军团败逃到西部地区，在逃往过程中，不断有崛起的新领袖试图重组混沌军团，恢复往昔的辉煌，但是没有人能够真正的取代他们死去的领袖Asavar Kul，但是战火并没有因此而消弭，相反，四个具有强大势力的派系以及其他一些种族，为了维和自身的利益和掠夺更多的领土，再次挑起了战争……