故事描述2039年，原本以技术立国、以经济大国之名驰骋于极东的岛国日本，被超国家间的组织GHQ给武力介入，而在其统治之下保有了国家的型态。10年前，突然其来的致命病毒Apocalypse Virus开始蔓延，这也让日本政府混入混乱并丧失身为政府的主要机能，此一事件即后来被称为Lost Christmas的历史灾害。但在鲜为人知的背后却有着另一段的故事，2029年12月，在那一天下着雪的夜里发生了某件事……