反恐行动仍在继续，并且愈演愈烈……恐怖分子的手段也越来越残忍，就连平民百姓也成为了他们绑架的对象。于是，政府一方面与恐怖分子斡旋，试图说服其释放人质，一方面，派出了美国海军海豹突击队，试图在短时间内解决问题…这就是《反恐特遣队2：海豹突击队》的简单剧情。和著名的FPS游戏《F.E.A.R》一样，本作同样是采用了“Jupiter EX”引擎。