除亚洲特有的人物崇拜之外，到处筑墙的习惯也对游戏战役产生了实质性影响。每一座城池都有五层防御体系，甚至筑垒地域也因临海或依山从而拥有某些防御加成。

全战系列中经典的海战场面也将出现在《全面战争：幕府将军2》中，只不过双方的船都由桨驱动，无需担心风向的影响。海战的主要模式就是双方成堆的弓箭手互射，然后互抛抓勾使双方靠帮从而爆发决定性的接舷战。

与以往全战作品所不同的是，首次实现了多人模式下的组队对抗；最多可支持八人游戏，每一方都可使用特定的人物形象，且获得的经验值可为自己所扮演的角色升级。