游戏采传统2D卷轴式的动作冒险玩法，玩家可以射击、跳跃、攀爬，并且使用场景中收集到的各种武器进行战斗。游戏中取得的手榴弹、泡沫弹与火箭等武器除了是对抗敌人的利器，同时也是解谜所必需的锁钥：游戏中有各种障碍物会阻碍主角前进，玩家必须使用相对应的武器才能破解，例如泡沫弹可以破坏通风口的扇叶、火箭可以炸毁一般武器无法破坏的闸门等等。随着剧情的推展，玩家还能取得喷射背包与强化装甲，并且利用它们的特殊功能前往先前无法抵达的地方，取得额外的道具与奖励。

虽然2D玩法限制玩家只能在XY两个轴向移动，但《暗影帝国》的画面与场景仍然是全3D构成的。敌人会从背景的转角或门口朝玩家发动攻势，或是从楼顶向下射击；当敌人出现在玩家无法前往的深度位置时，主角武器的射线会自动校正到敌人所在的轴面，大部分的时间玩家只要按下RT右发射键开火即可。要是你不满意自动锁定的效果，可以使用右类比杆手动调整射线，利用雷射瞄准器的红色光束对准你想射击的方位。