本作是《战舰少女R》的外传，在原作世界观的基础上增加了许多原创剧情，无论新老玩家都可以体验到本作的乐趣。曾为「兵器」的她们的故事即将在这里拉开序幕······

【物语的开篇】

　　在第三次冷战结束后，经济高速发展、世界影响力逐渐扩大的俄罗斯以及亲俄派国家联合起来，与以美国为首的NATO阵营对立。

　　在矛盾加剧的同时，Maximus Hilbert创立了拥有世界顶尖技术的民间军事会社——NeoForce，数年后，又组建了装备仿军舰装备的特殊部队——NeoForce海军舰队。

　　随后拥有着凌驾于各国海军力量之上的神秘组织“深海舰队”突然出现在世界上。

　　各国唯一的对抗手段就是向NeoForce海军舰队申请救援，击退深海舰队······

　　神秘的“深海舰队”其真实身份究竟是...?她们坚持战斗的原因又是······？