姬轩与姬霜这对姐弟，自幼父母双亡，留予徐庶抚养了八年，并苦心的教授二人兵法的知识，但姬霜却瞒着徐庶私下学习神秘人物所传授禁术·召鬼之法。

　　某天，徐庶之妹徐虹暗自担心母亲被曹操挟持至许都，强令徐庶投效曹军一事，却意外的杀出天若宫的门人，要其交出镇宫之宝“天烙之印”，并说出了姬轩父母当年叛教而逃的惊人事实。姬霜虽以禁术·召鬼之法勉力救了性命垂危的徐虹，但是灾难却因此而正式展开了。

　　《幻想三国志》为追求剧情的张力，故事的主轴基本上还是以单线式为主，随着故事的进行，玩家可依喜好下决策，游戏设有多重结局的可能。而结局的不同，不光是只有感情的影响，甚至连天下局势都跟着不同。